Además, se convirtió en el primer jugador de la historia en anotar, al menos 30 puntos, a todos los equipos de la NBA (29) en una misma temporada. El 13 de enero de 2021, es traspasado a Brooklyn Nets en un acuerdo que involucra a cuatro equipos. En su estreno como jugador de los Nets, el 16 de enero en la victoria ante Orlando (122-115), consiguió un triple doble (32p, 14a, 12r), siendo el primer jugador de la historia de la NBA en registrar un triple doble de más de 30 puntos el día de su debut, además de ser el jugador que más asistencias reparte para un debutante de Brooklyn. Camiseta Nba – Brooklyn Nets – Mod. Una vez que se decide retirar la camiseta de un jugador, se realiza una ceremonia especial como se vio recientemente con Pau Gasol, normalmente durante un partido en el que el jugador es honrado y su camiseta se cuelga del techo del estadio junto con las otras camisetas retiradas del equipo. Hoy los equipos filiales del Bayern juegan en ese estadio. Además de que ese siempre suele ser un partido entre dos equipos “interesantes” o donde hay rivalidad, por lo que ya desde el primer día nos pone el hype.
Tras rechazar la oferta de renovación de los Thunder, Harden protagonizó un sorpresivo traspaso en agosto de 2012 al ser transferido a los Houston Rockets junto a Daequan Cook, Cole Aldrich y Lazar Hayward a cambio de Kevin Martin y Jeremy Lamb. En abril de 2012 conseguía su récord de anotación con 40 puntos ante Phoenix Suns. En noviembre de ese año batió su récord de anotación con 45 puntos ante Atlanta Hawks. Dos años más tarde, en el año 2000, su equipo disputó las Finales de la NBA, tras las cuales Bird dimitió de su puesto de entrenador. Pero parte de lo que le dio a Jokić el premio MVP la temporada pasada fue el hecho de que llevó a su equipo a los playoffs mientras que sus dos mejores compañeros, Jamal Murray y Michael Porter Jr., se perdieron la temporada por lesiones. Para la temporada 2013-14, la llegada del pívot Dwight Howard suponía un paso adelante para los Rockets, que por fin aspiraban a realizar algo importante en playoffs. En la siguiente temporada, los Houston Rockets, liderados por James Harden y Chris Paul quedaron primeros en la Conferencia Oeste, con un balance de 65 victorias y 17 derrotas, superando el récord histórico de la franquicia.
Harden pasaba así de ser el sexto hombre del finalista de la NBA a jugador franquicia de un equipo en reconstrucción. Para enero de 2013, Harden llevaba 14 partidos promediando 25 puntos, el primero de la franquicia de los Rockets en hacerlo desde el pívot Moses Malone. Ya inmersos en la 2018-19, el 23 de enero de 2019, frente a los Knicks, consiguió su récord personal de anotación con 61 puntos. En su partido de debut firmó 37 puntos, 12 asistencias y 6 rebotes, convirtiéndose así en el segundo jugador con mejor porcentaje de anotación en el debut con su equipo y el primer jugador de los Rockets tras Hakeem Olajuwon en conseguir 37 puntos y 12 asistencias. El 30 de enero de 2018 estableció, en ese momento, su récord personal de puntos anotados en un histórico partido contra los Orlando Magic (60 puntos, 10 rebotes, 11 asistencias) convirtiéndose así en el primer jugador de la historia de la NBA en conseguir un triple-doble con 60 puntos. El 21 de enero de 2022 ante San Antonio Spurs registra un triple doble de 37 puntos, 11 asistencias y 10 rebotes.
Durante su segunda temporada en Filadelfia, el 23 de diciembre de 2022 ante Los Angeles Clippers registra un triple-doble 20 puntos, 11 rebotes y 21 asistencias, siendo su récord personal en asistencias. Al comenzar la temporada 2020-21, el 23 de diciembre de 2020, Harden es multado con $50.000 por violar los protocolos de salud y seguridad de la NBA; que entre otras cosas prohíben asistir a reuniones sociales en interiores de 15 o más personas, o ingresar a bares, salones, clubes o establecimientos similares. El jugador angelino sería suspendido y Harden no regresaría hasta el primer partido de playoffs contra Dallas Mavericks. Minneapolis consiguió por tanto el primer título de la historia de la NBA, ganando todas las series del playoffs con un balance final de 10-2 en victorias-derrotas. En ese mismo mes, se anunció la marcha de Mateu Alemany (aunque finalmente se quedó) y de Jordi Cruyff a partir del 30 de junio, que fue remplazado por Deco.