Luego en el Clausura 2007 a este plantel se incorporaron Sandro Sotilli, Héctor Castro y Sergio Bueno como entrenador, con 33 puntos ubicados en el grupo A se clasifica a liguilla enfrentando por tercer torneo seguido a Cruz Azul Hidalgo en cuartos, el juego de ida lo pierden 3-1 de local, el de vuelta finalmente avanzan al golear 3-0 el 10 de diciembre; la semifinal fue contra Puebla FC; serie emotiva donde gana el de ida 2-0 tantos de Héctor Gómez e Ignacio Quinteros (ex Puebla), camiseta betis retro en la vuelta con intenso 3-3 en el Estadio Cuauhtémoc los Leoneses eliminan al campeón vigente. El duelo del ascenso no podía ser más emotivo pues a su acérrimo rival los Freseros de Irapuato habría de enfrentar, el juego de ida se disputó el 18 de junio del 2003, los esmeraldas caen 2-1 con goles de Ariel González y un autogol de Gers, el gol leones conseguido por Ulises González, ante el repudio de los aficionados pero había posibilidad de revertir en Irapuato; En la vuelta y antes del encuentro el Estadio Sergio León Chávez fue tomado por un comando armado presuntamente contratado por directivos del León para presionar a la directiva fresera de vender el club en caso de que ascendiera sin embargo el inmueble fue recuperado por varios aficionados locales de forma violenta.
Cabe resaltar, que pese a ser los únicos tres clubes que permanecen activos con el proyecto, ninguno de los otros ha desertado a efectos legales, ya que en su día firmaron un contrato vinculante con altas cláusulas de penalización. Sin embargo luego de ese triunfo el equipo vino a menos con tres derrotas consecutivas y 2 empates por lo que destituyen a Ruiz por Alberto Guerra, que rescató tres triunfos más, 2 empates y 5 derrotas dejando al subcampeón en la decimosexta posición general con 17 puntos, el mejor goleador fue nuevamente Sigifredo Mercado junto con Lorenzo Sáez y Everardo Bejines con apenas 4 goles cada uno. Ya en lo deportivo se reforzó el plantel con los jugadores de Curtidores recién ascendido y desaparecido como Saúl Sánchez, Daniel Alcántar, Christian Patiño, Alexander Madrigal, y Andrés Pérez, y se deshizo de Camilo Romero, Lorenzo Sáez y Sigifredo Mercado. Para el invierno 99; Unión de Curtidores propiedad del mismo dueño del León lograba su ascenso al imponerse al Atlético Yucatán el 26 de mayo de 1999; luego el Sr. Aguirre confirma que vendió el club León a Francisco Bernat Cid propietario del Puebla FC que acababa de descender, los medios locales cuestionan a Aguirre sobre si el club continua en la ciudad, afirmando el Sr. Aguirre que esa es la condición para haberlo vendido, sin embargo durante el draft de Ixtapa Francisco Bernat anunció el 23 de junio “León se convierte en Puebla” y desmiente a Valente Aguirre que en la compra no existe ningún impedimento de llevárselo, esto generó protestas masivas de los pobladores de la ciudad en la plaza cívica y zócalo frente al ayuntamiento donde miles con pancartas reprobaban el hecho, mientras tanto en el draft Valente Aguirre le dio poca importancia diciendo “ya se les pasará el coraje” el 24 de junio ante estos acontecimientos Curtidores desaparece para convertirse en Puebla y León permaneció en Primera siendo adquirido por el empresario Roberto Zermeño.
Ya en la final, el duelo se tornó complicado, León trató de empatar el global, sin embargo la trinca no cedió la ventaja y a 11 minutos del final Josías Ferreira anotó el 1-0 y le dio el ascenso al Irapuato, y sentenciaba así al León a permanecer un segundo año en la división de ascenso. Para el Verano 2003; el club obtiene el liderato con 40 puntos, en liguilla se impone a Tabasco 4-2 global, en semifinal vence a Correcaminos de la UAT 3-2 global, la final la disputa contra Tapatío, el 12 de junio empata el primer juego 1-1, en la vuelta con dos anotaciones de Colman ganan 2-1 para llegar al juego de ascenso. Durante el Apertura 2005 el equipo es dirigido por el veterano entrenador Agustín Santillán, como incorporaciones llegaron el portero argentino Pablo Furtivo, Tomas Banda, Jorge Collazo y Roberto Nurse, León obtiene 25 puntos en el lugar 2 del grupo 2 pero en undécimo lugar debe enfrentar la reclasificación contra Indios de Ciudad Juárez al que eliminan ganado el primero 1-0 y empatando de visitante 3-3 el de vuelta, así califica a liguilla para eliminar en cuartos a Correcaminos con un 4-1 global, en semifinal se consuma un nuevo fracaso al caer contra Cruz Azul Oaxaca 3-2 el global.
Siguió el Apertura 2007 y formaron un plantel interesante con hombres como Mauricio Romero goleador del torneo con 16 goles, Andrés Ugalde, Edwin Borboa, Raymundo Torres y Eder Patiño, el equipo se califica liderando el grupo A con 23 puntos en la liguilla fue eliminado por Indios de Ciudad Juárez 4-2 en el global. Como entrenador estuvo Carlos Bracamontes que tuvo un inicio lento al llegar la fecha 10 tenía 12 puntos, pero un repunte lo calificó con 32 puntos en cuartos de final, es eliminado por Cobras de Cd Juárez 3-2 el global. En el verano 2001 llegó el entrenador paraguayo Pablo Enrique Centrone, y se refuerza con el portero argentino Luis Islas, Nicolás Ramírez, el uruguayo ex de América Andrés Silva y José Luis Salgado, también procedente del mismo club. Roberto Zermeño se mostraba como un dirigente arrogante que tomaba las peores decisiones, para el invierno 2001 quitó a jugadores como Jaime Ordiales y el portero Luis Islas que salió a medio torneo líderes de la salvación anterior, en cambio llegaron Zdenko Muff, Rodrigo Valenzuela, Eduardo Arancibia, Efrén Hernández y Horacio Sánchez, todos estos movimientos ocasionaron la caída del club que solo rescató 19 unidades y quedaba en penúltimo lugar junto a La Piedad y Celaya que sería su rival directo por eludir el descenso, para Verano 2002 contrató a jugadores como Nicolás Sartori, Guido Alvarenga a los rojinegros David pacheco, César Márquez y Gerardo Mascareño; los americanistas Raúl Gutiérrez y Edsón Astivia; además de los leoneses Israel Valadez, Ulises González.
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