Uniforme alternativo: Camiseta azul marino, pantalón blanco, medias azul marino. No fue hasta el año 1938 en que el diseñador y publicista Santiago Guillén Covarrubias recibió el encargo de crear un símbolo para el Colegio Nacional de Ciencias y Artes, entregando tres meses después la doble «C» sobre un fondo azul marino. Gracias a que el Saprissa se consagró campeón del Invierno 2008 este disputó nuevamente la Liga de Campeones de la Concacaf en la edición 2009/10, el Saprissa disputó su pase a la fase final en el Grupo C, enfrentando a los equipos de Cruz Azul de México, el Columbus Crew de Estados Unidos y el Puerto Rico Islanders, durante este torneo el cuadro morado no logró el pase a la fase final dado que este solamente consiguió ser tercero en su grupo. Sí Se Puede Cienciano por el Perú, Sí Se Puede Carajo Ser El Campeón. El himno de Cienciano es poco conocido y difundido, al ser el mismo de su alma mater; es decir, el Colegio Nacional de Ciencias. Una versión cuenta que la mascota remonta a tiempos del patrono del colegio Nacional de Ciencias y Artes, Bernardo Tescellino, quien cabalgaba sobre un burro por diferentes calles y pueblos predicando el evangelio.
Algunos de los grandes jugadores que a lo largo de la historia vistieron la camiseta blanca y celeste fueron: Matías González (campeón del mundo con la selección uruguaya en 1950), Rubén «El Tiza» Morán (campeón del mundo con la selección uruguaya en 1950), Carlos María «El Polaco» Carranza (campeón de América con la selección uruguaya en 1956), Rinaldo Fioramonte Martino, Julio Dalmao (campeón de América con la selección uruguaya en 1959), Juan «El Loco» Pintos, Miguel de Brito, Víctor Espárrago, Juan Masnik, Waldemar Victorino, Rogelio Domínguez, Rubén «El Marqués» Sosa, Norberto «Muñeco» Madurga, Carlos «Toti» Veglio, Héctor «El Indio» Morán, Líber Vespa, Henry Homann, Oscar Javier Morales, Mario Regueiro, Álvaro Pintos (máximo goleador de la historia del club con 87 goles), Jorge Artigas, Horacio Peralta, Diego Godín (campeón de América con la selección uruguaya en 2011), Rodrigo Mora, entre otros. En 2011 comenzó con una grata sorpresa para sus hinchas, siendo líder del torneo durante las primeras fechas a pesar de contar con un reducido presupuesto y con prácticamente los mismos jugadores del año anterior a excepción de la contratación de jóvenes valores caso de Juan Araujo y el ascenso al primer equipo de Diego Virrueta y Luis Romero. Tras el receso debido al Mundial de Sudáfrica, la irregularidad fue la constante en el equipo, lo que derivó en el despido del entrenador Hernández, y la llegada de Marco Antonio Figueroa.
Cuenta la historia que dicho símbolo provocó bromas por parte de los alumnos del San Antonio Abad, por entonces colegio, quienes ironizaban diciendo «ahí se lee cocineros de Cosío» (haciendo alusión al director Gabriel Cosío, de aquellos años). Desde que el club logró los 2 títulos internacionales, Cienciano lleva en su escudo dos estrellas doradas bordadas en su parte superior; como símbolo de la máxima gesta y hazañas de un club peruano. En principio el retorno del club fue una gran noticia para el departamento de Durazno, la prensa local informó que el mismo grupo inversor había comprado unos terrenos frente al Parque de la Hispanidad, donde se construiría el nuevo Complejo Deportivo del equipo. En la Liga 1 2024 Cienciano tuvo una gran actuación en el Apertura con Oscar Ibañez teniendo solo 3 derrotas, pero en el comienzo del Clausura en su primer partido lo ganó con doblete de Garces por 2-1 ante Comerciantes unidos , pero luego cayeron de local 0-1 ante ADT y por 5-1 en Lima ante Sporting Cristal.
En la temporada 2022 Cienciano perdió en la fase 1 ante Melgar por 1-2 , mientras en la liga volvió a clasificar a la sudamericana 2023. En la temporada 2023 , en el Apertura temino con 24 puntos en el puesto 11 y en el sudamericana 2023 perdió ante Universitario en la fase preliminar por 2-0. Mientras en el Clausura terminó noveno con 24 puntos pero en acumulado no logró clasificar a la copa sudamericana 2024, por 3 puntos. Fue a raíz de la completa profesionalización del fútbol en España en la temporada 1949-50 cuando se empezó a acuñar el término de cantera. En la temporada 2020 Cienciano acabó en el 9 lugar , con 2 goles de diferencia Cienciano no pudo clasificar a la Copa Sudamericana 2021 ante su clásico rival Melgar. Copa Libertadores Participó, La Sudamericana se Consagró. Aunque bajo su dirección el equipo obtuvo la Supercopa 2019 ante Peñarol y en el plano internacional consiguió dos victorias por la Copa Libertadores 2019, por el Torneo Apertura quedó relegado rápidamente con solo tres puntos tras las primeras cinco fechas. En 2019, Cienciano del Cusco campeonó la Liga 2 logrando ascender a la Primera División tras vencer 4-2 a Santos, quedando primero con 44 puntos en el torneo.
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